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农业经济管理系于2003年组建，继承了原玉溪农校的农业经济管理专业、会计统计等专业，具有二十多年的办学经验，现设有农业经济管理、会计统计两个教研室，开设财务会计、农业经济管理、电子商务、市场营销、金融保险、社区管理六个专业，现有全日制在校专科学生860余人。
农业经济管理系现有教师26人（硕士以上学历11人，在读硕士4人），其中副教授9人，是一支年龄、学历、职称结构合理、业务能力强、教学水平高、生机勃勃的师资队伍。农业经济管理系的实验、实训设施齐全，拥有会统模拟实验室、经济管理综合模拟实验室、用友ＥＲＰ实训中心以及若干校外实习基地，通过校内模拟训练和校外实践教学，注重培养既有理论知识又有实际操作能力的高素质应用型人才。其中用友ERP实训中心在2008年获得教育部高等学校高职高专工商管理类专业教学指导委员会颁布的“示范实训中心”称号。
